Vận tải đường không tại Amakusa được thực thi tại sân bay cùng tên, nằm ở cực Bắc của đảo Shimoshima. Quần đảo được kết nối với phần còn lại của Nhật Bản nhờ vào năm chiếc cầu của Amakusa[2] và các chuyến phà chạy từ Hondo và Matsushima.

Tại nơi này cũng có nhiều chuyến phà hoạt động nhằm chuyên chở người và hàng hóa giữa quần đảo tới các tình lân cận của Kagoshima và Nagasaki. Phà chạy từ Onike tại phía Bắc Shimoshima tới Kuchinotsu ở cực Nam của bán đảo Shimabara thuộc quyền quản lý của công ty đường sắt Shimabara và chạy theo từng giờ mỗi ngày.[3]Phà chạy từ cảng Tomioka ở Reihoku tới Mogi ở phía Bắc tại tỉnh Nagasaki được quản lý bởi Công ty trách nhiệm hữu hạn Yasuda Sangyo Kisen.[4]Hai chuyến phà từ Shinwa và Ushibuka ở miền Nam Shimoshima kết nối Amakusa với Nagashima ở tỉnh Kagoshima.